Las obras del nuevo Palacio de Justicia se han ido retrasando según han pasado los progresivos Presupuestos Generales del Estado. En el año 2004 el Gobierno fijó el 2008 como fecha de conclusión del nuevo edificio, sin embargo en las cuentas del Estado para el 2005 el plazo se retrasó al 2009, y en las últimas ya aparece el 2010.

La ubicación del nuevo edificio, en los terrenos del proyecto Mérida Tercer Milenio, en La Paz, fue objeto de polémica en su día, ya que el entonces equipo de gobierno popular había defendido --y aprobado en pleno-- su construcción en el cuartel Hernán Cortés.