El número de usuarios del ferrocarril en Mérida ha caído en casi 8.000 personas durante el año 2006 respecto al 2005, al pasar de 161.242 a 153.479, un 5% menos. La bajada ha sido más significativa en las líneas regionales (casi 7.000 personas menos), aunque siguen siendo, con diferencia, las más utilizadas por los usuarios.
La evolución del número de viajeros en los últimos cinco años aclara la situación del tren en la ciudad. Los datos aportados por Administrador de Infraestructuras Ferroviarias (antigua Renfe), reflejan la incesante decadencia de las grandes líneas (pasa de 41.752 usuarios en el 2002 a 22.129 en el 2006), frente a las líneas regionales (pasa de 100.215 a 131.350 viajeros).
En cualquier caso, la estación de Mérida tiene más actividad que la de Badajoz, ya que en líneas generales ha ganado 11.500 viajeros en este período, mientras que la pacense ha perdido 36.000, y la de Cáceres ha visto mermado el número de usuarios en casi 22.000 en este mismo período.
Pese a esta caída, los nuevos trenes en vigor desde el año 2004 en Extremadura han provocado que las estaciones de tren, la de Mérida entre ellas, sean más utilizadas que en los años posteriores a esa fecha.
