Los primeros restos arqueológicos de la ciudad se remontan al periodo de utilización de las cuevas del Calerizo (Santa Ana, el Conejar y Maltravieso). Esta última cuenta con un centro de interpretación propio. No obstante, los restos urbanísticos documentados en el ámbito urbano se sitúan en la época romana republicada como demuestran los restos del Palacio de Mayoralgo, con un fuerte impulso en la época imperial. Tras el decaimiento del bajo imperio y el renacer en la época musulmana, en la ciudad destaca el urbanismo gótico-renacentista de los siglos XV y XVI que toma forma en más de 30 palacios. La importancia de todos estos bienes derivó en el reconocimiento como tercer Conjunto Monumental de Europa y Patrimonio Mundial. El cuidado de los restos arqueológicos no se sistematizó hasta después del año 2000, tras la designación de un arqueólogo en la Oficina del ARI para las labores de asesoramiento y gestión preventiva en el marco de las obras de rehabilitación de edificios y obra civil. Su trabajo ha sido esencial en la relación entre proyectos urbanos y patrimonio arqueológico. El seguimiento de obras como la Plaza Mayor-Foro de los Balbos, Miralrío o El Conejar ha permitido poner en valor estos espacios.
