El 6 de octubre de 1981, el Papa nombró un delegado personal suyo para dirigir la Compañía de Jesús. Este hecho dio una visión autoritaria de Juan Pablo II. Hacía tiempo que había una tensión latente entre la curia y los jesuitas por sus opciones posconciliares por la justicia social y los estudios teológicos y morales críticos. El padre Pedro Arrupe, prepósito general de la compañía jesuita, representó para ésta lo que Juan XXIII a la Iglesia.

En septiembre de 1979, Juan Pablo II fue severo con los jesuitas, pidiéndoles más ortodoxia y más obediencia al magisterio. Al año siguiente, Arrupe creyó que había de dejar el gobierno de la compañía y decidió llevarlo a la práctica ante su congregación general. El Papa le pidió que lo pospusiera. En el interín, el Papa sufrió el atentado de Ali Agca, y Arrupe padeció una hemiplejía. El vicario de Arrupe hizo gestiones para convocar la elección de un nuevo general y se dio la inusitada intervención papal nombrando a los padres Paolo Dezza y Giuseppe Pittau delegados suyos en la compañía.

Fue un aviso para las otras órdenes que defendían su independencia. Se suavizaron las experiencias pastorales más radicales, pero los jesuitas no abandonaron sus grandes objetivos.