En el análisis final que figura en el informe de Medio Ambiente, se advierte de que los ríos "son ecosistemas frágiles, sometidos constantemente a los efectos de la actividad humana", y apunta a las canteras de extracción de áridos, los regadíos y los vertidos como principales causas del deterioro de la calidad de las aguas.

Así, se apunta a que las comunidades biológicas fluviales están adaptadas a determinadas condiciones naturales, que vienen determinadas por el caudal, el sustrato del lecho y los parámetros físico-químicos de las aguas. El equilibrio pude romperse, por ejemplo, por la aportación de vertidos como los alpechines, los de las redes de saneamiento de las poblaciones o la contaminación más difusa de origen agrícola. En cuanto a los regadíos, su principal impacto es que alteran el caudal, y en ocasiones reducen tanto el nivel de las aguas que hacen imposible la vida. Finalmente, las extraciones de áridos alteran la composición de los lechos y enturbian las aguas.

La incidencia de dichos factores es casi nula en los cursos altos de los ríos, como ocurre en las gargantas de montaña del norte cacereño, lo que les permite ofrecer una calidad muy alta.

En cambio, el estudio indica que en el recorrido del río Tajo es inútil realizar análisis, ya que "está embalsado en prácticamente todo su recorrido extremeño", y los índices sólo son aplicables a las aguas corrientes.

También se señala que aún quedan por muestrear los afluentes del Tajo en su margen izquierda, que discurren por zonas llanas, lo que hará que la calidad de sus aguas sea sensiblemente menor.