De los tres métodos posibles (flora, peces o invertebrados), se tomó el tercero, denominado BMWP´, que valora la presencia o ausencia de determinados seres vivos, que permite ver, no sólo la situación actual, sino lo ocurrido tiempo atrás.

Se recogen muestras de los insectos grandes (de varios centímetros), gusanos y algunos moluscos. Cada grupo de ellos tiene un valor asignado, según la tolerancia que la especie presente a los cambios. De este modo, las presencias se valoran de uno a diez para fijar un índice de calidad. En el caso de los que faltan se sabe en que orden desaparecen y eso permite saber el grado de contaminación.

A este complejo estudio se añade el índice QBR, que evalúa la calidad de la vegetación de ribera, lo que posibilita una visión más amplia, según sea el grado de conservación de la cubierta vegetal, sus estructura vertical y su naturalidad.

En Extremadura se van a muestrear 238 puntos, de los que se ha analizado ya el 62%. En toda España, el ministerio, para el mismo estudio, no llega a los 900.