Aunque Extremadura está regada casi en exclusiva por el Tajo y Guadiana, también hay una pequeña incidencia de la cuenca del Duero en el norte y del Guadalquivir en el sur. Estos cauces también han sido examinados. En el caso del Duero, se analizó un tramo del río Malena y que ofrece un altísimo nivel de calidad.
Del Guadalquivir se analizaron los ríos Bembézar, Sotillo y Viar, y en ningún caso se logró el aprobado.
