El nivel de contaminación del Guadiana a su paso por Extremadura se puede constatar a través de lo que se puede ver sobre el propio cauce y por los datos de la propia Administración. De hecho, la práctica totalidad del río presenta parámetros químicos que sobrepasan --o que pueden hacerlo-- los límites marcados por la legislación vigente. Así, el único tramo del Guadiana extremeño que, según la propia confederación hidrográfica, carece de indicios aparentes de impacto ambiental es el del embalse García de Sola. Esta situación ha llevado al director de la Oficina de Planificación de la Confederación Hidrográfica del Guadiana (CHG), José Angel Rodríguez, a reconocer hace unas semanas que el estado del río "es preocupante" y que la calidad de las aguas "no es buena".
Uno de los documentos que constata que la salud del río no es la más adecuada es el Estudio General de Demarcación Hidrográfica . Se trata de un informe público --se puede consultar en la web http://planhidrologico2009.chguadiana.es -- realizado como base del futuro Plan Hidrológico 2009 y en él la propia CHG refleja que casi todo el Guadiana sufre o corre el riesgo de sufrir algún tipo de impacto sobre la calidad de sus aguas. Unicamente en el embalse García de Sola y en algunos afluentes como el Aljucen y el Guadámez la situación está ajustada a la Directiva Comunitaria sobre Calidad de Aguas, de acuerdo con los análisis realizados a través de las más de 60 estaciones de control existentes en la cuenca extremeña del río.
Las zonas más afectadas por este problema están entre Don Benito y Mérida y aguas abajo de la ciudad de Badajoz. En esos tramos la calidad de las aguas excede los parametros fijados por la Comunidad Europea. Respecto a los afluentes, se encuentran en esta misma situación el Guadajira, el Ardila y el Alcarrache.
De acuerdo con este documento de la confederación, en el Guadiana se han detectado sustancias químicas "peligrosas", índices biológicos "que marcan el deterioro de las aguas", carencias de oxígeno y una alta presencia de plaguicidas.
DOBLE VISION EN LA CHG A pesar de estos datos y de que José Angel Rodríguez afirmó el pasado 17 de septiembre, durante unas jornadas en Mérida sobre el futuro plan hidrológico, que la situación del río a su paso por Extremadura es "preocupante" y que los últimos análisis evidenciaban que la calidad de las aguas "no es buena", la CHG trata de mandar un mensaje de tranquilidad. Según su presidente, Enrique Calleja, "a rasgos generales la calidad es más que aceptable" y los niveles altos de algunas sustancias detectadas por las estaciones de control se deben a "problemas puntuales".
Actualmente dos de los indicadores más utlizados para medir el grado de contaminación de las aguas fluviales son el amonio y los nitratos. Ambas sustancias están producidas por altas concentraciones de contaminantes
