En Ecologistas en Acción les preocupa sobre todo las aportaciones químicas que los regadíos hacen al Guadiana, fundamentalmente en Vegas Altas y Vegas Bajas. Según su delegado en Badajoz, Luis Sanabria, la contaminación es "básicamente de tipo orgánico" y a ello se agregan los vertidos de plantas como las almazaras de Almendralejo o las conserveras de Villafranco.

Además, afirma que son muchos los pueblos que incumplen la normativa sobre depuración de aguas residuales, aunque admite que es "compleja". Por eso sobre todo critica que allí donde hay depuradoras "o no funcionan bien o no se usan".

Como muestra de la situación del Guadiana, Sanabria afirma que "el río está muy alterado; no conozco casi ningún tramo ecológicamente intacto, aunque sí hay afluentes muy bien conservados".