Más allá de la postura disconforme de la Iglesia y de algunas organizaciones, existen asociaciones y particulares que han llevado su oposición a Educación para la Ciudadanía hasta los tribunales para defender el derecho de los padres y los alumnos a objetar frente a la asignatura. Así, un informe del colectivo Profesionales por la Etica apunta que ya se han dictado más de un centenar de fallos judiciales amparando a los objetores a Ciudadanía. Se trata, en la mayoría de los casos, no de sentencias o resoluciones judiciales firmes, sino de sentencias y autos que estiman medidas cautelares, es decir, medidas provisionales que declaran al alumno exento de asistir a clase hasta que se dicte sentencia.

En Extremadura, a principios de octubre se conoció que el Juzgado de lo Contencioso-Administrativo número 1 de Cáceres resolvió permitir a cuatro alumnos no asistir a las clases de esta asignatura como medida cautelar, al menos hasta que se dicte sentencia para los recursos que han presentado sus padres. La Junta ha recurrido ese auto y la decisión está ahora en manos del juzgado número 2.

El detalle autonómico de los fallos judiciales es el siguiente: Andalucía: 15 sentencias y 70 autos de medidas cautelares, del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía; Aragón: 10 autos de medidas cautelares, dos del Juzgado de lo Contencioso-Administrativo de Barbastro, dos de los Juzgados Contencioso números 3 y 5 de Zaragoza y seis del de Huesca; Castilla-La Mancha: cuatro autos de medidas cautelares, dos de sendos Juzgados de lo Contencioso Administrativo de Albacete, uno del Juzgado de lo Contencioso-Administrativo de Cuenca y uno del Juzgado de lo Contencioso número 1 de Toledo; La Rioja: 23 sentencias del Tribunal Superior de Justicia; y Extremadura: cuatro autos del Juzgado de lo Contencioso-Administrativo 2 de Cáceres.