El curso en la Facultad de Biblioteconomía y Documentación ha comenzado cargado de incertidumbre. Una sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Extremadura (TSJEx) ordena devolver al edificio del antiguo Hospital Militar su aspecto anterior a la construcción actual, lo que supone la demolición de parte del inmueble. El texto jurídico, con fecha del 14 de septiembre, insta al Ayuntamiento de Badajoz a la presentación de un proyecto técnico que devuelva a este edificio situado en el recinto de la Alcazaba Arabe al estado anterior a las obras para ser la sede de la facultad y de la Biblioteca de Extremadura. El TSJEx da conocimiento de este auto al Ayuntamiento de Badajoz, al ser la Administración pública que concedió la licencia de las obras de transformación, que en su día fueron pagadas por la Junta de Extremadura.

Estas obras se llevaron a cabo a través de un proyecto seleccionado por la Consejería de Cultura, desde un concurso público celebrado en 1998, que obtuvo el visto bueno e informes favorables del la Comisión de Bienes Inmuebles de Patrimonio Histórico de la Junta de Extremadura. El concejal de Urbanismo, Celestino Rodolfo Saavedra, recuerda que en esta comisión participó en su día, "sin presentar alegaciones", la Asociación Amigos de Badajoz, quien interpuso la primera demanda por la "ilegalidad" de las obras y su ataque al patrimonio histórico de la ciudad. Este proceso judicial se inicia con esta primera demanda de la asociación pacense en el año 2003, por la que el TSJEx les da la razón indicando que las obras no se ajustan a la Ley de Patrimonio, una sentencia recurrida por el consistorio pacense.

En octubre de 2006, el TSJEx desestima este recurso del consistorio de Badajoz, y ahora le insta al inicio de la adecuación prevista en su primera sentencia, por la que daba la razón a la asociación pacense anulando la licencia de obras concedida para realizar obras en el antiguo Hospital Militar para la construcción de la sede de ambas instituciones académicas. El TSJEx, por su parte, condenaba en su sentencia a la "restauración de los bienes del patrimonio histórico" a la situación existente con anterioridad a las mencionadas obras.

Por su parte, el Consejo de Alumnos de la Facultad de Biblioteconomía y Documentación ha iniciado una campaña de recogida de firmas para evitar un posible traslado de su centro formativo ya que desean que la facultad continúe en la alcazaba.