El Museo se halla instalado en un espacio de gran interés histórico-artístico: el recinto del alcázar, la Panadería del Rey y el edificio de la Antigua Cámara Agraria. El alcázar ocupa el ángulo NO de la primitiva fortaleza templaria del siglo XIII. Fue reparada por el rey portugués D. Dinis, alcanzando su forma definitiva en tiempos de D. João II, por cuya iniciativa se levantó hacia 1488 la Torre del Homenaje. El conjunto estaba defendido por torres cúbicas de flanqueo y un foso parcialmente descubierto en nuestros días.
