En 1986, Mario Conde consiguió su mayor éxito empresarial y económico con la venta de Antibióticos a la italiana Montedison por 58.000 millones de pesetas (algo menos de 350 millones de euros). Esa operación se consideró la mayor realizada en España hasta el momento y le permitió obtener un paquete de acciones de la multinacional. Fue el primer paso para autopropulsarse a la cúspide del sector financiero español. En octubre de 1987, una fuerte inversión convirtió a Conde en uno de los mayores accionistas a título individual de Banesto, con lo que consiguió inicialmente un puesto en el consejo de administración y, poco después, la presidencia del banco. Se incorporó así el selectivo 'Club de los siete' al que pertenecía la élite de la banca española.

Conde no fue en ningún momento del agrado de las autoridades del Banco de España. Sus poco convencionales prácticas de banquero levantaron no pocas suspicacias en el entorno de la inspección del supervisor financiero. Las sospechas se acabaron confirmando y el 28 de diciembre de 1993, el Banco de España decidió la intervención de la entidad financiera. Así como el cese fulminante del consejo de administración presidido por Conde y el nombramiento de una nuevo consejo encabezado por Alfredo Sáenz, vicepresidente del BBV y responsable, en su día, del saneamiento de Banca Catalana. El valor de las acciones de Banesto había descendido más de un 10% como consecuencia de los rumores que afectaban al banco y del grave desequilibrio patrimonial.

Para llevar a cabo el salvamento de la entidad el Estado tuvo que poner 600 millones de euros (100.000 millones de pesetas). Esa aportación pública no llegó a recuperarse nunca. Los bancos privados a través del Fondo de Garantía de Depósitos (FGD) aportaron otra cantidad similar. Tras el saneamiento, Banesto fue puesto a la venta. Emilio Botín, presidente del Banco Santander, se quedó con la entidad por 1.900 millones e incorporó a Alfredo Sáenz -un banquero del BBV de toda la vida- al grupo Santander, donde acabó siendo consejero delegado de la entidad presidida por Botín. En todo caso, las aportaciones realizadas no fueron suficientes para tapar un agujero de 3.644 millones de euros (605.000 millones de pesetas) que costó esta crisis.

Desde su incorporación a la órbita del Santander, Banesto se mantuvo como una marca independiente. Fue presidido por Ana Botín -hoy presidenta del Santander- entre el 2006 y el 2010, antes de ponerse al frente de la división británica del grupo santanderino. Banesto acabó integrado en el Santander en el 2012, como consecuencia del proceso de reestructuración seguido por la banca española.