El proyecto de la refinería dividide también a la opinión pública y a los organismos en Andalucía. Muestra de ello es lo ocurrido en las últimas 48 horas. El jueves, el Consejo de Participación del Parque Nacional de Doñana aprobó por mayoría (y con la única abstención del representante del Ministerio de Medio Ambiente) una resolución de la organización ecologista WWF que respaldaa las tesis de la Junta de Andalucía sobre los graves riesgos que el oleoducto de la refinería Balboa entraña para el Parque de Doñana. Y ayer la Autoridad Portuaria de Huelva valoró como "favorable" y "positiva" la construcción de estas instalaciones, tanto por el aumento del tráfico marítimo en el puerto como por las inversiones que supondría.

Por su parte, el Grupo Gallardo sostiene que la alternativa seleccionada para construir el oleoducto es "la que presenta menor afección ambiental, siguiendo en todo momento las recomendaciones legales y ambientales del ministerio, la Junta de Andalucía y la Junta de Extremadura". De hecho, recuerda que su trazado aprovecha, en lo posible, el paralelismo con otras infraestructuras (autovías, ferrocarril) para minimizar el impacto ambiental. Además asegura que, en su punto más cercano, pasa a 20 kilómetros de Doñana.