El papa cambia de nombre porque fueron elegidos dos eclesiásticos en los siglos VI y X que tenían nombres de dioses paganos o emperadores romanos divinizados. Ahora el nombre que adoptará el nuevo papa es la pregunta que debe responder tras manifestar que acepta el cargo.

El primer papa que decidió el cambio se llamaba Mercurio, dios romano del comercio, y prefirió llamarse Juan. Fue Juan II (533-535). El segundo también escogió el nombre de Juan --fue el 12º de la serie-- y se llamaba Octavio, nombre del emperador Augusto.

De manera piadosa se ha argumentado que la costumbre de cambiar el nombre se inspira en el pasaje del evangelio (Mateo 16,13--19) del cambio de nombre que Jesús de Nazaret hizo a Simón que le llamó Cefas o roca, del que deriva Pedro.

Desde Juan XII, todos los pontífices han seguido esta costumbre que se afianzó en el año 1009 en el cambio que hizo Sergio IV porque se llamaba Pedro. Sólo siete (Benedicto VI y VII, Juan XIII y XV, Julio III, Marcelo II y Adriano VI) no han seguido la tradición.

Juan ha sido el nombre escogido por 23 pontífices. Le siguen: Gregorio (16 papas), Benedicto (15), Clemente (14), Inocencio (13), León (12), Pío (12), Esteban (10), Bonifacio (9), Alejandro (8), Urbano (8), Adriano (6), Pablo (6), Celestino (5), Martín (5), Nicolás (5), Sixto (5), Atanasio (4), Félix (4), Eugenio (4), Sergio (4), Honorio (4), Calixto (3), Julio (3), Lucio (3), Víctor (3), Adeodato (2), Agapito (2), Dámaso (2), Dono (2), Marcelo (2), Pascual (2), Pelagio (2), Silvestre (2), Teodoro (2) y Juan Pablo (2). Además, 41 nombres de papa han sido únicos.

La elección del nombre la suele explicar el nuevo papa. Albino Luciani, en 1978, escogió el primer nombre compuesto en homenaje a Juan XXIII y a Pablo VI, y Karol Wojtyla en homenaje a su antecesor. Ahora se especula que el nuevo papa escogerá también el nombre de Juan Pablo dado el impacto de Wojtyla. Sería un cambio radical que mantuviera el nombre de bautismo.