La concesión a Mérida de dos proyectos por parte de la iniciativa europea Interreg, conocida en 2002, se recibió como una buena oportunidad para la promoción exterior de la ciudad, al tratarse de un proyecto transfronterizo, pero también para la dotación de nuevas infraestructuras de cara a la atención de los visitantes. Dos fueron los grandes obras financiadas por esta iniciativa. El Museo del Agua, que se inauguró en el 2006 con una visita por parte de las autoridades municipales, se cerró días después por motivos técnicos, aunque en realidad no contaba con todas sus instalaciones en marcha ni personal encargado de su funcionamiento.

Abrió sus puertas tres meses después, coincidiendo con el verano, pero con las primeras lluvias aparecieron nuevas lagunas en su puesta en marcha, en este caso en forma de goteras. Otros cuatro meses fueron necesarios para su nueva apertura.

Tras la entrada del nuevo gobierno local ha permanecido la mayor parte del tiempo cerrado, y solo tras la adecuación del entorno de Proserpina inaugurado el pasado verano su funcionamiento ha sido más regular. Abre según la demanda de visitantes, y solo lo hace de forma continua durante el verano.

Su construcción fue adjudicada por un importe de 1,4 millones de euros y un plazo de ejecución de doce meses en febrero del 2004, e incluía la recuperación de las playas de Proserpina, algo que nunca se ejecutó porque el proyecto se quedó sin fondos. La empresa contratista fue Vaysaca, la misma que ejecutó el otro proyecto, el Museo Abierto de Mérida, por el mismo plazo, pero con un presupuesto de 3,3 millones de euros. La adjudicación se realizó en octubre del 2003, pero no abrió sus puertas hasta mayo del 2007, unos días antes de las elecciones municipales. Los retrasos en la ejecución costaron 600.000 euros a las arcas municipales.

Interreg trajo también una web para la promoción turística conjunta de Mérida y Evora, realizada por la empresa Culturex, aunque después se demostró que estaba elaborada con información plagiada de otras institucione, y una guía turística de las dos ciudades implicadas de la que se desconocen cuantos ejemplares se editaron, así como certámenes culturales de poesía, novela o fotografía.