El Premio Europeo Carlos V lleva asociado la concesión de las Becas de Investigación y Movilidad en Estudios Europeos para investigadores que preparen una tesis doctoral. La temática de estas becas se adapta en cada edición al currículo del premiado. Los investigadores seleccionados participan en el Seminario Doctoral Premio Europeo Carlos V que organiza la Fundación Academia Europea de Yuste y sus trabajos son publicados por Peter Lang. Por ejemplo, las Becas Premio Europeo Carlos V José Manuel Dur o Barroso han versado sobre historia, memoria e integración europea desde las relaciones transatlánticas de la UE. Se han beneficiado 70 investigadores de toda Europa y de países no europeos, como Marruecos, Brasil o Cuba.
