El español Héctor Faubel (Aprilia) superó todos los problemas que tuvo al principio del Gran Premio de la República Checa de 125 c.c. y se adjudicó en Brno una victoria, la tercera, "in extremis", para convertirse en el nuevo líder de la clasificación provisional del mundial. Mientras, su máximo rival en la carrera hacia el título, el húngaro Gabor Talmacsi (Aprilia), que forzó el ritmo en la última vuelta y llegó a superar a su adversario, se tuvo que rendir en esta evidencia a la superioridad de Faubel y acabó derrotado por el resto de los integrantes del grupo de cabeza y fuera del podio.

Héctor Faubel llegó a Brno con dos puntos de desventaja respecto de Gabor Talmacsi y, sin embargo, se marcha de la República Checa con diez puntos más que su oponente, que acabó cuarto la prueba. El piloto de Lliria tuvo que superar algunos problemas ya durante los entrenamientos, en los que la puesta a punto de su novísima RSA no termina de rodar todo lo "fina" que debiera, pero lo cierto es que según pasaron las jornadas de entrenamientos Héctor Faubel consiguió que todo estuviese en su sitio y, con el segundo mejor tiempo de entrenamientos tras Talmacsi tenía la confianza de poder optar a la victoria.

Después de una buena salida, el primer líder de la carrera fue el autor de la "pole position", Gabor Talmacsi, pero tras su estela estaban los principales hombres de la carrera, con mención especial a Héctor Faubel, quien sabía de la importancia de marcharse de Brno con un buen resultado, pero tras atosigar en las dos primeras vueltas a sus rivales, Faubel cedió más de un segundo en el tercer giro por algún problema mecánico que hizo temer lo peor, sin embargo el piloto del equipo que dirige Jorge Martínez "Aspar" se recuperó con el paso de las vuelta y acabó emparejándose con el local Lukas Pesek (Derbi), quien llegaba por detrás.

La criba inicial dejó en cabeza de carrera a la pareja formada por el italiano Mattia Pasini (Aprilia) y el húngaro Gabor Talmacsi, mientras que a poco más de un segundo rodaban Sergio Gadea (Aprilia) y Lukas Pesek, con los que acabó enlazando el propio Faubel. El ritmo que impuso delante de ese trío Sergio Gadea permitió que Pasini y Talmacsi no se marchasen y poco a poco todos se acabaron reagrupando, pero el valenciano iba demasiado al borde del desastre como para aguantar así toda la carrera y cuando hubo que apretar los "dientes" en las últimas vueltas se produjo el error de Gadea, que acabó por los suelos sin posibilidad de continuar cuando en su mente estaba fijado ya el objetivo de adelantar a Mattia Pasini, quien por entonces era líder de la prueba.

Ese fue uno de los momentos más importantes de la carrera, pues Mattia Pasini estaba intentando tirar para escaparse, Gadea se caía y quien marchaba detrás, Gabor Talmacsi, se tenía que abrir para esquivar la moto, lo que abría un hueco que podía producir el corte definitivo, pero Héctor Faubel, muy atento, se cerró lo justo para que no hubiese que lamentar incidentes y el italiano no logró abrir un hueco para sentencia la carrera, que se iba a decidir en el último giro entre cuatro contendientes.

A esta última vuelta llegó líder Héctor Faubel, pero en un circuito ancho y largo como es Brno esa no era ninguna referencia, por lo que el piloto valenciano debía cerrar todos los huecos lo mejor posible y, aún así, Gabor Talmacsi encontró por donde meterse, pero el español no perdió los nervios y se pegó a la rueda de su rival para esperar el momento propicio. Y éste llegó a cuatro curvas del final, en donde Faubel le ganó la posición a Talmacsi, que se tuvo que abrir para no tocarse con él y por ahí se le coló también Gadea, mientras que casi al final y ante su público, Lukas Pesek se la jugó a una sola carta para adelantar por el interior al húngaro y lo consiguió, dejándole sin podio y sin liderato del mundial.

La victoria de Héctor Faubel no dejó ninguna duda sobre sus verdaderas aspiraciones para este año, ser campeón del mundo, mientras que Mattia Pasini consiguió una vez más acabar y recuperar terreno en el campeonato, en tanto que Pesek dio la alegría a todos los aficionados locales al conseguir por primera vez acabar en "su" circuito una carrera y, además, hacerlo encima del podio.

Con Sergio Gadea fuera a dos vueltas del final, la siguiente plaza española la ocupó Pol Espargaró (Aprilia), que llegó a ir en las últimas posiciones del grupo de cabeza, lo mismo que Pablo Nieto (Aprilia), quien se cayó en el duodécimo giro, mientras Pol logró entrar en sexta posición y Esteve Rabat (Honda) y Joan Olivé (Aprilia) también lo hicieron en posiciones con derecho a puntos al ser undécimo y duodécimo, respectivamente. Nicolás Terol (Derbi) y Ricardo Cardús (Aprilia) consiguieron igualmente acabar la carrera, fuera de los puntos, en la vigésimo segunda y siguiente posición cada uno de ellos.