Gestoras pro Amnistía nació en el País Vasco con la pretensión de asistir a los presos de ETA y atender a sus familias. La organización es heredera de la Comisión pro Amnistía de Guipúzcoa, creada en 1976 para luchar por la excarcelación de los presos etarras del franquismo. Entre sus miembros figuraban Eduardo Chillida y Juan María Bandrés. El organismo quedó disuelto en 1977.

En 1979, sectores afines a la banda crearon Gestoras pro Amnistía, caracterizada por sus reiteradas denuncias de torturas a los detenidos y rechazo a la dispersión de los presos. En el 2001, la policía, en una operación dirigida por el juez Baltasar Garzón, descabezó política y económicamente la agrupación por relación con la banda terrorista ETA.