Las prisiones españolas albergan a un total de 59 internos condenados o acusados por delitos de terrorismo islamista repartidos en 20 centros distintos. Entre esos reclusos se encuentran los encarcelados en relación con los atentados del 11 de marzo en Madrid, los presuntos miembros de la supuesta célula española de Al Qaeda desarticulada en noviembre de 2001 y los detenidos en Cataluña en la llamada operación Lago, que permitió la intervención de sustancias con las que podía fabricarse napalm casero.

A los presos islamistas se les aplica la misma política de dispersión que a los miembros de otras organizaciones terroristas, como ETA o los GRAPO.