Este molusco es la principal preocupación por el desastre ecológico (es una de las cien especies más dañinas del mundo) y para los regadíos que puede originar su aparición. Hay un proyecto específico para evitar su propagación en el Tajo y el Guadiana en el que se trabaja desde hace seis años. Se realizan controles a los barcos y muestreos el agua para detectar larvas. El mejillón cebra se alimenta de fitoplancton, compitiendo con otras especies autóctonas, por lo que puede alterar los ecosistemas.
