El Mediterráneo, con unas 16.800 especies marinas descritas hasta la fecha, es el cuarto en la lista de los mares más ricos en diversidad, tras las aguas australianas, japonesas y chinas, aunque su riqueza es muy heterogénea (superior generalmente en su cuenca occidental). Sin embargo, como advirtieron Marta Coll, Chiara Paroddi y otros investigadores del ICM-CSIC en dos artículos publicados en el año 2010, englobados dentro del proyecto internacional Censo de la Vida Marina, la biodiversidad del Mediterráneo es también la más amenazada del planeta, por delante del golfo de México y la plataforma continental de China.
El Mediterráneo era asimismo la región con mayor número de especies invasoras, 637, una buena parte llegadas desde el Mar Rojo a través del canal de Suez. La siguiente en la lista, la zona europea del océano Atlántico, por su parte, tiene 245 especies invasoras.
