La exclusión de Extremadura del Fondo de Cohesión significa que la región contará con 180 millones menos que en el periodo actual solo por este concepto. Según los datos del Ministerio de Economía, esta ayuda de la UE trajo a la comunidad extremeña inversiones en proyectos que sumaron esos 180 millones entre el 2000 y el 2006. En el periodo anterior (1994-1999) el Fondo de Cohesión financió en Extremadura obras por valor de 90 millones de euros.

Entre los proyectos más relevantes en la región financiados entre el 2000 y el 2006 con cargo al Fondo de Cohesión figuran las obras de saneamiento y depuración en las zonas de Guadajira, Campiña Sur y Vegas Bajas, que sumaron 55,6 millones de euros, las actuaciones derivadas del plan de residuos (28,7 millones de euros), y diversas actuaciones en saneamiento y depuración integral en las cuencas extremeñas del Guadiana y Tajo, por un importe global de 23,4 millones.

El recorte de las inversiones a Extremadura supone que la región será de las más perjudicadas por la reducción que ha experimentado el Fondo de Cohesión asignado a España. En el periodo 2000-2006, España recibió más de 12.000 millones de euros con cargo a este fondo, que debe apoyar a las regiones más débiles, mientras que en los próximos siete años recibirá la cuarta parte.