A pesar de no tener un equipo filial, la cantera del Mérida está teniendo frutos cada vez más importantes y no sólo para la plantilla emeritense son los que están exportando futbolistas que en algunos casos está revirtiendo en las arcas del club como con Sergio Benito de cuyo traspaso el Mérida va a seguir tendiendo beneficios si el jugador sigue progresando en el Deportivo de la Coruña, de momento ya ha ido a un entrenamiento de la selección española juvenil.
En la portería es donde ha tenido sus últimos casos más sonados con Juanma, Cuéllar y Casto en equipos de primera línea nacional. En la actual plantilla hay hasta siete jugadores canteranos: Diego, Juanfran, David, Comini, Pla, Ricardo y Mendo, de entre ellos sólo David y Mendo no han debutado todavía.
Molina, además, confía mucho en este ramillete de futbolistas y cada vez está teniendo más protagonismo, normalmente saliendo desde el banquillo, aunque en la última jornada, el entrenador confío a Juanfran la difícil función de suplir al lesionado Juan Carlos y para Molina "Juanfran lo ha hecho fenomenal y ha sido un gran recambio para Juan Carlos", palabras que agradeció Juanfran, que sabe que "el titular es él pero tenemos que seguir trabajando para ir entrando cada vez más".
