La práctica totalidad de las licitaciones para obras, suministros o servicios realizadas por la Junta en el 2003 contenían algún tipo de irregularidad, y en algunos casos en una misma adjudicación concurrieron varias vulneraciones a la normativa que rige estos procedimientos. Así lo señala el Tribunal de Cuentas en su informe sobre Extremadura, donde examina 36 licitaciones que suman un presupuesto de 209 millones de euros, el 72% de lo licitado ese año.
En sus consideraciones iniciales, el órgano fiscalizador ya advierte de que el Gobierno extremeño utiliza el concurso o el procedimiento negociado como método de licitación, y nunca la subasta, pese a que esta última es la más favorable siempre en términos económicos y la más transparente.
La estrella de los incumplimientos es el Palacio de Congresos de Mérida. La obra se adjudicó en 1999 por 6,7 millones, sin embargo costó más de 12 millones. Según el informe, el incremento de costes se debió a la realización de obras complementarias "que deberían haber sido recogidas en el contrato original" por tratarse de elementos --sonido, iluminación, climatización...-- que tenían que formar parte de la obra. Sin embargo, se generaron posteriormente hasta tres contratos, todos adjudicados sin concurso a la misma empresa que hizo la obra original, lo que desembocó en el sobrecoste.
Además, para el último contrato complementario, realizado en abril del 2003 se dieron cuatro meses, pero poco antes de concluir el plazo se dio una prórroga "injustificada" de otros cuatro y finalmente se entregó la obra cinco meses después de terminar esta nueva prórroga, sin que existiese justificación.
También la actuación del SES es muy cuestionada. Así se cita que la compra de reactivos para detectar la hepatitis se dio a la empresa más cara, aludiendo para desestimar el resto de ofertas motivos que no venían en el pliego, y pese a que la mesa de contratación dijo que todas las empresas cumplían los requisitos.
Este mismo departamento no hizo públicas las adjudicaciones de vacunas contra la meningitis e intervenciones quirúrgicas para aliviar la lista de espera. Además, en la contratación de vacunas contra la gripe figuraba en el pliego la compra de 210.000 dosis, pero la factura final habla de 105.000 dosis. También se adjudica la compra de vacunas contra la meningitis para un contrato de 30.000 dosis y posteriormente se incrementa la compra a casi 76.000 dosis al mismo licitador, sin explicación.
Asimismo, se licitan equipos de diagnóstico clínico en el plan especial de inversión de 38 millones "sin respetar la libre concurrencia" alegando "imperiosa necesidad", pero dichos equipos no se instalan hasta cuatro años después.
