El Gobierno vasco "no quiere y no puede dar por roto el proceso de paz", aunque reconoce que "alguien en nombre de ETA" ha vuelto a introducir "en el corazón de los ciudadanos desesperanza, frustración y miedo". La portavoz del Ejecutivo de Vitoria, Miren Azkarate, condenó el atentado en una breve declaración tras la que no admitió preguntas. Aseguró que los terroristas han vuelto a "dar la espalda al pueblo vasco" al decidir "que los problemas se solucionan haciendo la guerra". También destacó que la sociedad y el Gobierno vasco "están profundamente preocupados" por los ciudadanos desaparecidos en Barajas. Azkarate declaró, en nombre de los vascos: "No deseamos volver a un pasado de violencia, amenazas, extorsión o muerte".
El PSE, por su parte, pidió a la izquierda aberzale que condene el atentado "y no mire a otro lado". Si no, demostrará "su absoluta supeditación" a ETA y su incapacidad para apostar por vías democráticas. En un comunicado de prensa, el PSE destacó: "Quienes cometen este tipo de acciones están imposibilitando que avance el proceso de paz".
El portavoz del PNV, Iñigo Urkullu, consideró positivo que el presidente del Gobierno mantenga su apuesta por la resolución del Congreso sobre el fin dialogado de la violencia. El PNV respaldó así a Zapatero al considerar que la "única responsable" de la situación tras la acción terrorista es ETA.
