El informe medioambiental elaborado por la Estación Biólogica de Doñana responde a las 14 cuestiones planteadas por la Sala de lo Contencioso-Administrativo. Entre sus respuestas señala que "la construcción del complejo y su funcionamiento han tenido impactos ambientales, negativos y de consideración, sobre la isla y la ZEPA".

Apunta que modificó los hábitats de la isla, "lo que teóricamente supuso la desaparición de un tercio de las especies de aves terrestres en época de reproducción y de un quinto de las especies invernantes. "La mayoría de estas especies estaban protegidas por la ley". Además, la construcción supuso eliminar más de la mitad de los árboles y arbustos nativos que se estaban regenerando naturalmente y lo que se revegetó fue menos de la mitad de la cobertura perdida.

Aún así, los científicos de Donaña estiman que devolver esos terrenos a su estado originario, tal y como estaba antes de iniciarse las obras en el 2006, "produciría un perjuicio ambiental mayor que un proyecto de restauración ecológica que partiese de la situación actual" y que, a su juicio, tendrían un impacto ambiental positivo sobre la ZEPA a largo plazo.

El problema más serio de una posible demolición sería la gestión de los más de 140.000 metros cúbicos de residuos que estiman que se generarían, aunque existen técnicas de reciclado que podrían atenuar ese impacto.

Con todo esto, los expertos señalan que desde el punto de vista global, "la huella ecológica (uno de los indicadores más extendidos para medir el efecto de la actividad humana) de la demolición es menor del 1% de la huella ecológica del mantenimiento del complejo".