La modificación de los límites de la Red Natura 2000 que plantea la Junta de Extremadura contempla tocar 69 de las 71 zepas extremeñas, pero no afecta a todas por igual. Entre las que están bajo la lupa de proyectos empresariales destaca la Zepa Embalse de Valdecañas, en la que está construido el complejo Marina Isla de Valdecañas. Está incluida en la propuesta de modificación de sus límites, pero no afecta a la zona del complejo. Solo se contemplan pequeños cambios en los bordes de la zona protegida, sin tocar la protección del interior de la isla.
Sin embargo, los cambios planteados en la Zepa de los Llanos de Cáceres y Sierra de Fuentes sí tendrían una incidencia directa en uno de los proyectos que tiene la ciudad: el centro budista. Se situaría en el Cerro Arropé, el cual quedaría sin protección zepa con la propuesta planteada por la administración regional. Cáceres es, de hecho, uno de los núcleos urbanos con más territorio protegido a modificar.
El decreto en consulta pública también plantea desclasificar suelo protegido en municipios del entorno de Monfragüe como Serrejón, Serradilla o Casas de Miravete, entre otros.
